Балансировка колес никак не влияет на раскачку. На это влияет состояние амортизаторов и деталей реактивной тяги. Вибрация на кпп пожет быть обусловлена ослаблением крепления самого механизма переключения.
Нужно смотреть сцепление. Скорее всего диск неровно прилегает. При разборке это будет видно по неравномерному износу. А там уж как повезет либо просто замена диска, либо еще и исправление геометрии в самом узле.
