Здравствуйте. Хорошо бы знать год выпуска авто и пробег. Инициализацию с какой целью делали? Сцепление меняли? Что еще менялось и какой стоит блок управления? В Вашем случае мигает нейтраль потому, что процесс инициализации не завершен. Основная причина по которой инициализация не завершается - это невозможность определить начальное положение сцепления. Проверьте состояние датчика положения актуатора сцепления. Вероятнее всего либо предельный износ сцепления, либо проблема в самом актуаторе. Либо, и то и другое.