_TopGun_, Здравствуйте и добро пожаловать на форум!
При выборе следует руководствоваться целями и задачами - для чего Вы приобретаете этот автомобиль. Если не собираетесь эксплуатировать его в глубоком бездорожье и по пересеченной местности постоянно, то предпочтительнее 5-ти дверный кузов. Длинная база 5-ти дверника позволила расширить пространство салона и установить просторный задний диван, обеспечив при этом рациональный объем багажника. Кроме того, длиннобазные имеют широкую линейку двигателей.
Что касается двигателя, то вид топлива выбирается опять же от условий эксплуатации. Если нет проблем с дизельным топливом, то я бы отдал предпочтение дизелю. Самым мощным и динамичным является турбодизель, 3,2 л, 165 л. с. Но, опять же для авто с большим пробегом турбина уже может представлять определенные проблемы. Это заметно по маслу вокруг турбины или в интеркуллере. Этот двигатель, кстати имеет подогрев топливного фильтра, что делает его достойным для зимней эксплуатации.
По году выпуска - конечно же, чем моложе, тем лучше. Но, старые Pajero (90-х годов) имеют механический ТНВД (дизели), а новые - уже электронные. Ремонт и обслуживание электронных ТНВД требует наличие определенной аппаратуры и специалистов. Механические - проще. Ремонтируемые.
Обращайте внимание на трансмиссию. Все должно работать четко, лампочки индикации трансмиссии не должны мигать,
По трансмиссии можно почитать
тут.