Для широкой публики, если быть откровенным, МКПП Isuzu D-Max может быть несколько "тугой" (это иногда называется "notchy"). Это просто так. Однако если вам приходится действительно прикладывать усилия или задерживать сцепление, чтобы включить передачу, значит, что-то не в порядке. Вы уже проделали большую часть пути, заменив жидкость и рабочий цилиндр, но есть еще несколько моментов для проверки.
Масло в МКПП должно быть синтетическим, типа BOT402 (не используйте трансмиссионное масло другие типы, это делает переключение очень жестким).
Проверьте, что гидравлика сцепления выжимает диск до конца. Для этого попробуйте полностью выжать педаль и посмотреть на легкость переключения. Если сцепление не отключается полностью, передачи будут подклинивать или включаться с трудом. Обязательно прокачайте систему и убедитесь в отсутствии подсоса воздуха, убедитесь, что свободный ход педали правильно отрегулирован.
Проверьте весь привод механизма переключения передач (тяги, тросы) под автомобилем - они могут иметь люфт, износ втулок или загрязнение.
Если масло правильное, гидравлика работает идеально, а проблема остается на низких передачах, скорее всего, дело в износе синхронизаторов первой и второй передач (поскольку именно на них приходится наибольшая нагрузка). Установка пластмассовых синхронизаторов на некоторых агрегатах - это слабое место, но зачастую помогает использование правильного масла и щадящий стиль переключения.
Какой у вас пробег, как именно (жестко или с перегазовками) вы обычно переключаете передачи? С какой примерно скорости или оборотов вы пытаетесь включить повышенную передачу? Это важные нюансы, которые сильно сужают круг поиска. Если ничего из вышеперечисленного не решило проблему, может потребоваться внутренняя диагностика - дефектовка штоков, вилок, пружин и замер люфтов синхронизаторов на разобранной коробке.
