Насчёт системы охлаждения - твоя логика абсолютно правильная. Если держать её в идеале, шансы заметно продлить жизнь третьему цилиндру реально есть. У 4G94 действительно неравномерный теплоотвод: помпа гонит ОЖ от первого цилиндра к четвёртому, и третий находится в самой невыгодной зоне. Но чистый радиатор, свежий антифриз строго по регламенту и исправный термостат снижают общий температурный фон настолько, что локальный перегрев может так и не достичь критической отметки. Много моторов без задиров перевалили за 250 тысяч именно при фанатичном уходе за охлаждением - это не единичные случаи. Так что конструктивный недостаток частично обмануть можно, просто надо не лениться мыть соты радиатора не только снаружи, но и следить, чтобы изнутри не было отложений. А ещё раз в пару лет стоит промывать всю систему дистиллированной водой - профилактика не повредит.
Что касается АКПП против "ручки" - собрать точную статистику нереально, но по многолетним наблюдениям на форумах этот миф сильно преувеличен. Прямой связи именно с типом коробки для 4G94 нет. Задиры возникают из-за перегрева, масляного голодания или абразива, а не из-за чуть более высокой нагрузки на мотор. У автомата моменты переключений, пробуксовка гидротрансформатора и трогание под нагрузкой немного добавляют тепла в мотор в целом, но это касается всех цилиндров, а не только третьего. Если мотор и так работает с перекосом охлаждения, то дополнительный нагрев ускоряет износ всего блока, но "автоматность" здесь не первопричина. Скорее, на Дайонах с автоматом чаще стоит более тяжелый кузов (полный привод или полная загрузка), плюс владельцы таких машин часто не утруждают себя контролем температуры - вот и складывается впечатление, что АКПП провоцирует беду. Но грамотный термостат, чистое охлаждение и свежее масло с правильной вязкостью нивелируют эту разницу практически полностью.
Из дополнительных дельных советов - если ещё не сделано, стоит заглушить EGR или хотя бы регулярно чистить впускной коллектор от масляного нагара, а также проверять клапан PCV. Это напрямую уменьшает количество абразивной грязи, попадающей в цилиндры. Тогда третий цилиндр будет ходить гораздо дольше.